Dada a necessidade sentida por um grupo de médicos dedicados ao estudo e tratamento da Doença Inflamatória Intestinal de agregar esforços e partilhar experiências foi efectuada uma reunião preliminar em 7 de Dezembro de 2002 na qual foi decidido criar o Grupo de Estudos da Doença Inflamatória Intestinal (GEDII). Este projecto foi dado a conhecer através de anúncios no “GE – Jornal Português de Gastrenterologia” e no “Tempo de Medicina” e do envio de convite aos Directores Clínicos de todos os Hospitais não especializados do País, com pedido de divulgação aos potenciais interessados. A divulgação através de contacto directo teve também um papel relevante. A concretização do referido projecto teve lugar em reunião realizada a 22 de Março de 2003 na Curia. Considerou-se então que o Grupo de Estudos deveria permanecer aberto a todos os interessados, ficando a programação das actividades entregue a cinco coordenadores (João Freitas, Jaime Ramos, Francisco Portela, João Pimentel, Fernando Magro). Foi nomeado o Dr. João Freitas para encetar contactos e representar Portugal junto da European Crohn’s and Colitis Organisation (ECCO). Permaneceu nestes moldes até Abril de 2006 altura em que foi transformado em pessoa colectiva de direito privado, dotada de personalidade jurídica e regida por estatutos publicados em Diário da República. Ao abrigo dos estatutos foram eleitos em Assembleia Geral realizada em 08 de Julho de 2006, os primeiros corpos sociais do grupo.